Μετά από περισσότερο από έναν αιώνα έρευνας κατανοούμε αρκετά καλά τι έκανε ο Μηχανισμός, αλλά η ακριβής χρήση του στην αρχαία κοινωνία παραμένει αβέβαιη.
Για τους Βαβυλώνιους η πρόβλεψη των εκλείψεων είχε μεγάλη σημασία, επειδή οι εκλείψεις θεωρούνταν ενίοτε κακοί οιωνοί. Έχει επομένως προταθεί ότι παρόμοια όργανα μπορούσαν να έχουν ακόμη και πολιτική λειτουργία.
Μια άλλη υπόθεση είναι ότι χρησιμοποιούνταν στη ναυσιπλοΐα, ιδιαίτερα σε ένα ροδιακό περιβάλλον. Αυτή η χρήση όμως φαίνεται μάλλον απίθανη, καθώς το όργανο είναι πολύπλοκο και όχι ιδιαίτερα πρακτικό για χρήση πάνω σε πλοίο.
Θα ήταν πολύ πιο χρήσιμο στους αστρονόμους για την προετοιμασία ή υποστήριξη παρατηρήσεων στη στεριά. Η γνώση, για παράδειγμα, των χρόνων των εκλείψεων μπορούσε να βοηθήσει σε ορισμένες γεωγραφικές μετρήσεις.
Είναι επίσης πιθανό οι πρώτοι μηχανισμοί αυτού του είδους να δημιουργήθηκαν ως επιστημονικές και μηχανικές επιδείξεις.
Τέλος, ο Μηχανισμός ίσως χρησιμοποιούνταν ως διδακτικό όργανο. Η κατασκευή του φαίνεται ότι επέτρεπε σχετικά εύκολη αποσυναρμολόγηση, ενώ ακόμη και σήμερα ένα λειτουργικό μοντέλο αποτελεί εξαιρετικό μέσο για την εξήγηση των αστρονομικών κινήσεων.