Τα ιδρυτικά μέλη της αρχικής ακαδημαϊκής ομάδας του Προγράμματος Έρευνας για τον Μηχανισμό των Αντικυθήρων (AMRP) ήταν ο αστροφυσικός Mike Edmunds (Πανεπιστήμιο του Cardiff, Ηνωμένο Βασίλειο), ο μαθηματικός και κινηματογραφιστής Tony Freeth (Images First, Ηνωμένο Βασίλειο), ο αστρονόμος Ιωάννης Σειραδάκης (Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, Ελλάδα), ο αστροφυσικός Ξενοφών Μούσας (Πανεπιστήμιο Αθηνών, Ελλάδα), ο φυσικός και ειδικός στην ανάλυση ιστορικών αντικειμένων Ιωάννης Μπιτσάκης (Πανεπιστήμιο Αθηνών, Ελλάδα) και ο φιλόλογος και παλαιογράφος Αγαμέμνων Τσέλικας (Μορφωτικό Ίδρυμα Εθνικής Τραπέζης). Η ακαδημαϊκή ομάδα συνεργάστηκε στενά με την ομάδα του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου: τη χημικό δρα Ελένη Μάγκου, την αρχαιολόγο-μουσειολόγο Μαρία Ζαφειροπούλου και μια ομάδα συντηρητών καθοδηγούμενη από τον Γεράσιμο Μακρή. Οι Επιστημονικοί και Τεχνικοί Συνεργάτες ήταν η ομάδα της Hewlett-Packard και η ομάδα της X-Tek.
Έπειτα από τη δημοσίευση των πρώτων ευρημάτων το 2006, η ομάδα του Προγράμματος Έρευνας για τον Μηχανισμό των Αντικυθήρων ξεκίνησε μία σημαντική συνεργασία με τον Alexander Jones (Ινστιτούτο για την μελέτη του Αρχαίου Κόσμου, Νέα Υόρκη, ΗΠΑ) και τον John Steele (Πανεπιστήμιο του Brown, ΗΠΑ). Το 2007, δημιουργήθηκε πρόγραμμα για την απόκτηση διδακτορικού τίτλου στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Η υποψήφια διδάκτορας Μαγδαληνή Αναστασίου, έχει επιβλέποντες καθηγητές τους Ιωάννη Σειραδάκη, Κυριάκο Ευσταθίου και την Στέλλα Δρούγου. Την ομάδα βοηθάει και ένας αριθμός φοιτητών και τεχνικών.
Τα αποτελέσματα της ομάδας του Προγράμματος Μελέτης για τον Μηχανισμό των Αντικυθήρων έχουν ήδη συνδράμει στην περαιτέρω έρευνα και κατανόηση του μηχανισμού καθώς επίσης έχουν ελκύσει το ενδιαφέρον ερευνητών σε επιστημονικά πεδία όπως η μελέτη επιγραφών και αρχαίων ημερολογίων, αρχαίων επιστημών και τεχνολογίας και γενικότερα στη μελέτη της Ελληνιστικής περιόδου του αρχαίου Ελληνικού κόσμου. Στους συνεργάτες της ομάδας συγκαταλέγονται και η Μαρία Παπαθανασίου (Πανεπιστήμιο Αθηνών, Ελλάδα), ο Ηλίας Γκουρτσογιάννης, οι Jim Evans και Alan Thorndike (Πανεπιστήμιο του Puget Sound, ΗΠΑ) και ο συνεργάτης τους Christián Carman (Πανεπιστήμιο του Quilmes, Αργεντινή), ο Robert Hannah (Πανεπιστήμιο του Waikato, Νέα Ζηλανδία), ο Paul Iversen και άλλοι.